В программе 1С предприятие, в разделе операции, есть корректировка ЕНС, там начисляются пени и все корректировки по налогам на ЕНС. Я после сверки с ИФНС каждый квартал начисляю. Сумму пеней вывожу из начисленных по данным ЛК (выгружаю с ЛК ИФНС все операции за период, отбираю по "пени") и начисленных/уменьшенных из акта сверки за период с ИФНС, заказываю так же в ЛК.