Смотрите, я так понимаю, что Вы подавали уведомления на какие-то суммы налога в течении квартала, а сейчас формируете отчет и у Вас расходятся цифры с поданными уведомлениями? Или что-то другое?
В таком случае я бы не стала менять уведомления и уж тем более не ковыряла базу. По хорошему проверьте правильность расчета по данным программы и сдавайте отчет, как он сформировался. В любом случае при заведении отчета в базу ФНС все уведомления сторнируются и возьмут начисления из отчета. Как я Вам и писала, возможно будет требование о пояснениях причин расхождения уведомлений и отчета, смотрите, если расхождения небольшие, я обычно отписываюсь на предмет, что это техническая ошибка программы и при подаче отчета была проведена сверка и внесены коррективы. Ну и проверить на предмет разницы, если нужно доплачивать, чтобы сумма была на ЕНС и плюс пени.