Если пришел аванс, то начисляете НДС с аванса.
Когда происходит реализация под этот аванс, тоже начисляете НДС (всегда), в этот момент восстанавливается НДС с аванса.
Если оплата и реализация происходят в рамках одного квартала, НДС на аванс можете не начислять.
П.1.
Отгружаем товар ⤵️
УПД (счф) выписали ➡️ НДС, начислился.
П.2.
Получили предоплату,
на основании выписки банка , выставляем счет фактуру - НДС начислился.
Отрружаем товар покупателю [р.1.] от которого ранее пришёл аванс
НДС начисляем.
НДС с ранее начисленного аванса программа сминусует.
Несколько раз посмотрите формирование проводок и встанет понимание что к чему.))))
Проверяем верность заполнения договора.
***