Там галочка-можно выбрать без НДС, НДС 5%, НДС 10% и т.д. у нас там ставка без НДС. Но так как везде пишут, что УСН не выставляют счет фактуры с НДС спрашиваем.
Лайфхак - если вам присылают госконтракт с прописанным счет-фактурой, то надо делать протокол разногласий внося соответствующие изменения. Также до того как заказчик направил контракт на подпись можно созвонится с контрактным отделом и попросить или готовый вариант прислать (у меня так заказчики и сами делают, чтобы точно все реквизиты правильные были) или просто напомнить, что вы без НДС, на УСН и в тексте не должно быть счет-фактуры. Контрактные управляющие вменяемые люди. Если так вышло, что счет-фактура прописан, то как выше советовали самый простой вариант - УПД, в ЕИС также можно поставить бегунок - формировать счет-фактуру или нет, если уж так важно и выбрать вариант Без НДС.