Прочитайте, как учитывается входящий ндс , пока у вас была усн и ндс 5%.
Вы утратили право на усн, следовательно вы на общей системе и ндс не 5, а 20% теперь . На общей системе вы не можете выбирать ставку ндс. Только общая.
Они скорее всего не с УСН слетели , а возможно 60 млн., лимит превысили. Вот она и выбрала ставку 5%. Почитайте методические указания ФНС . Там подробно все изложено. https://www.nalog.gov.ru/html/sites/www.rn03.nalog.ru/2024/dep/20241016_metod_USN_NDS.pdf